Les 33 navires de guerre, sous-marins et navires de défense côtière du Canada sont répartis plus ou moins également entre les côtes entre côtes de l'Atlantique et du Pacifique.
Les ports d'attache des flottes sont les Forces maritimes de l'Atlantique (FMAR[A]) à Halifax (Nouvelle-Écosse) et les Forces maritimes du Pacifique (FMAR[P]) à Esquimalt (Colombie-Britannique). Ces formations gèrent tous les aspects liés à la maintenance de la Flotte, à l'instruction et à la dotation des effectifs, tout en maintenant la Flotte à un niveau optimal de préparation au déploiement, si les Forces canadiennes et le gouvernement canadien le jugent approprié.
Les navires de la Flotte peuvent être déployés, notamment dans le cadre d'une réponse strictement canadienne à un besoin national ou international ou dans le cadre d'un déploiement multinational de plus grande envergure. Les déploiements peuvent consister à l'envoi d'un seul navire au sein d'une force multinationale ou à l'envoi d'un large groupe opérationnel intégré, suffisamment autonome, composé de navires, de sous marins et d'aéronefs.
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