Les plus importantes unités opérationnelles appuyées par les FMAR (A) sont celles de la Flotte de la côte Est ou Flotte canadienne de l’Atlantique (CANFLTLANT). Un commodore (COMCANFLTLANT) est responsable des activités et de l’état de préparation de la Flotte de l’Atlantique. Il est également commandant du groupe opérationnel du Canada relativement à tout déploiement de navires participant à des exercices ou à des opérations sur la côte Est. La Flotte canadienne de l’Atlantique comprend les unités suivantes: des navires qui se tiennent dans un état de préparation allant de normal à élevé, à l’arsenal CSM; le QGFLTCANLANT – Bâtiment D-166; le Cinquième Groupe des opérations maritimes – Bâtiment D-165/166; Entraînement maritime (Atlantique), installé dans le hangar à bateaux. Ces unités comptent sur les services des unités intégrées et hébergées des FMAR (A) pour obtenir les services tels que l’instruction, les réparations, les approvisionnements, les munitions, l’électricité et la vapeur à terre, les vêtements, le soutien administratif, les services de photographie, la lingerie et la collecte des ordures. Au cours des dernières années, la Marine et les FMAR (A) ont terminé la transition qui les a fait passer de l’état d’une force spécialisée mais démodée à celui d’une marine moderne et efficace.
En 1994, le Livre blanc sur la défense a reconnu que le Canada est un pays maritime qui dépend de la mer pour faire du commerce et entretenir des communications avec le reste du monde. Le gouvernement y précisait aussi qu’il a besoin d’une flotte navale moderne et équilibrée pour garantir la souveraineté maritime du Canada et sa capacité à utiliser librement les océans. Le processus de modernisation se poursuit. Les nouveaux projets en vue comprennent l’arrivée du CH148Cyclone, qui sera le nouvel hélicoptère maritime des Forces canadiennes, le remplacement des pétroliers ravitailleurs d’escadre (AOR) par le navire de soutien interarmées, la modernisation des frégates de la classe Halifax et le remplacement des moyens de commandement et de contrôle et des systèmes de défense aérienne de zone équipant actuellement les destroyers de la classe Iroquois.
